Naruto est un jeune ninja du village de Konoha habité par l'esprit d'un démon appelé « Renard à neuf queues » Kyûbi. Ce démon a failli détruire son village et a été enfermé par l'ancien chef du village (le 4e Hokage) dans le corps de Naruto (qui rêve de devenir Hokage), mais celui-ci est détesté par la plupart des villageois qui le prennent pour un démon.
Dans ses nombreuses aventures, Naruto sera aidé par Sakura et Sasuke, ses équipiers, et secondé par ses professeurs : Iruka, Kakashi, ou encore Jiraya.